V každém zařízení má obecně pracovní kapalina vždy nějaké počáteční znečištění, které má pak tendenci růst během
provozu, to například v důsledku opotřebení komponent, prostupem přes těsnění apod. Je nezbytné
používat vhodné filtry, které tím, že zadrží znečišťující látku umožní udržet požadovanou hladinu
znečištění. Podle umístění filtrů v systému jsou nejčastěji používány filtry na vratné větvi, tlakové větvi
a na sací větvi. Filtry na odpadní větvi umístěné za všemi komponenty filtrují olej dříve, než se vrátí
do nádrže. Jejich úkolem je udržet požadovanou úroveň znečištění v nádrži (nepřímá ochrana
komponent) a musejí být dimenzovány tak, aby měly vysokou účinnost při zadržování nečistot (neboli
dlouhou životnost). Normálně se u nich používají filtrační materiály z mikrovláken (absolutní filtrace,
ßx 75, i když vývoj technologie dnes umožňuje hodnoty blížící se k 1000) nebo papírové (nominální
filtrace, ßx 2). Hydraulické filtry tlakové umístěné na tlakovém vedení chrání přímo jeden nebo více komponent a
zajišťují, že tyto jsou zásobovány olejem o správné úrovni znečištění. Filtry sací umístěné na vedení
sání chrání hydrogenerátor před případným hrubým znečištěním. Obecně se u nich používají filtrační
materiály z kovového sítka a jsou umísťovány tak, aby nedocházelo k problémům kavitace na
hydrogenerátoru. Aby se zabránilo vniknutí znečištění zvenku, je důležité používat kvalitní vzduchové
filtry na průduchách, přes které se filtruje vzduch nasávaný do nádrže. Pokud je požadována velmi
nízká třída znečištění, neboli velmi kvalitní filtrace, může se jevit nutné použití off-line filtrace, která při
konstantním průtoku a tlaku zajistí maximální filtrační účinnost. Doplňování pracovní kapaliny do
systému je nutno provádět vždy pomocí filtrační stanice.